Prokaryot olduklarından zarla çevrili çekirdek, mitokondri, kloroplast, endoplazmik retikulum, golgi gibi organelleri yoktur. Ribozom bütün bakterilerin temel organelidir. DNA, RNA, canlı hücre zarı ve sitoplazma bütün bakterilerin temel yapısını oluşturur. Buna ek olarak bütün bakterilerde hücre, cansız bir çeperle (murein) sarılıdır. Çeperin yapısı bitki hücrelerinin çeperinden farklıdır ve selüloz ihtiva etmez. Bazı bakterilerde hücre çeperinin dışında kapsül bulunur; kapsül bakterinin dirençliliğini ve hastalık yapabilme (patojen olma) özelliğini artırır.