Metanojenler ve siyanobakteriler genellikle aynı habitatta yaşamazlar çünkü birbirlerinden çok farklı çevresel koşullara ihtiyaç duyarlar. Metanojenler anaerobik (oksijensiz) ortamlarda yaşarken, siyanobakteriler fotosentez yapabilmek için oksijenli ve genellikle ışık alan ortamlarda yaşarlar. Bu nedenle, doğada aynı anda hem oksijenli hem de oksijensiz şartların hâkim olduğu aynı habitatta bulunmaları zordur.