Mantarlar mayalama endüstrisinde insanlara çok değerli hizmetler verirler. Ferment denilen maddeler oluşturarak şekeri alkol ve karbon dioksite dönüştürürler ve alkollü içkiler üretiminde kullanılırlar. Mayalanma olayı bazı bakteriler, maya ve küf mantarları tarafından meydana getirilir. Bu endüstri mayalanma oluşturan mantarlara bağlıdır; bunlar arasında en önemlisi Saccharomyces cerevisiae'dir.
Maya mantarları lüzumlu mayalanmayı sağlamak üzere ekmek yapımında da kullanılır. Başka türleri ise meyve sularından şarap imalinde ve süt endüstrisinde muhtelif süt ürünlerinin üretiminde kullanılır. Ayrıca bakterilerden başka bazı peynirlerin olgunlaştırılmasında Penicillium cinsinden küf mantarları önemli rol oynar.
Mantarlardan elde edilen en büyük keşiflerden biri de bilhassa penisilin adı verilen antibiyotiklerdir. Penisilin, Penicillium notatum'dan elde edilmiştir ve halen birçok bulaşıcı hastalığın tedavisinde başarıyla kullanılmaktadır.
Mantarlar tabi çürümede aktif bir rol oynarlar. Organik artıkların çürümesi bakterilerin ve mantarların, bilhassa küçük mantarların beraber faaliyeti ile gerçekleşir. Toprak mantarları bitki kalıntılarının parçalanmasına, gübrelik harcın meydana gelmesine ve bazı tarım ürünlerinin muamelesine iştirak eder. Su mantarları ise kirlenmiş suların yarı temizlenmesinde kısmen yardımcı olurlar.