Akdeniz Bölgesi'nin gölleri şunlardır:
- Kovada Gölü
- Eğirdir Gölü
- Beyşehir Gölü
- Suğla Gölü
- Salda Gölü
- Söğüt Gölü
- Kestel Gölü
- Burdur Gölü
- Acıgöl
- Amik Gölü
- Seyhan Baraj Gölü
- Aslantaş Baraj Gölü
Çok sayıda tektonik ve karstik oluşumlu gölün yer aldığı Göller Yöresi Akdeniz Bölgesi'ndedir. Başlıcaları Beyşehir, Eğirdir, Burdur, Acıgöl, Salda, Suğla, Kestel, Kovada gölüdür. Hatay Yöresi'nde yer alan Amik gölü ise bataklık görünümünü almıştır. Türkiye’nin, Eğirdir, Beyşehir, Burdur ve Suğla gibi büyük ve doğal tatlı su gölleri Akdeniz Bölgesi'ndedir. Kıyılarda ise irili ufaklı birçok lagün vardır. En önemli yapay göller ise Seyhan ve Aslantaş baraj gölleridir.