Fobilerin gerçek nedenleri bilinmemektedir. Öne sürülen fobi nedenleri türlerine göre değişmekle birlikte aynı fobi türünde de hastadan hastaya değişiklik gösterir. Ruhsal rahatsızlıkların çoğunda olduğu gibi fobilerde de neden biyolojik genetik ve çevreseldir.
Bazı özgül fobilerde genetik yakınlık fazladır. Örnegin; kan aldırma veya enjeksiyon yaptırma fobisi olan kişilerde ailede benzer hastalık normal topluma göre daha sıktırr. Ancak bu yatkınlığın genetik veya çevresel etkenlere bağlı olarak gelişip gelişmediğini aydınlatacak araştırmalar henüz yetersizdir.