Ege Bölgesi doğal göl bakımından zengin değildir. Bölgenin başlıca gölleri şunlardır:
- Bafa Gölü: Büyük Menderes ağzı yakınlarında oluşmuş alüvyal set gölüdür.
- Marmara Gölü: Gediz Vadisi kenarında yer alır.
- Işıklı Gölü
- Simav Gölü
- Serçin Gölü
- Azap Gölü
Ayrıca, bölgedeki önemli yapay göller şunlardır:
- Demirköprü Baraj Gölü (Gediz Nehri üzerinde)
- Adıgüzel Baraj Gölü (Büyük Menderes Nehri üzerinde)
- Kemer Baraj Gölü (Akçay kolu üzerinde)