Bakterileri konakçı sağlığındaki rolü bakımından yararlı, zararlı ve fırsatçı bakteriler olarak sınıflandırmak mümkündür. Mikroskobik morfolojilerine göre ise 3′e ayrılırlar:
- Yuvarlak şekilli bakteriler (Kok “coccus”lar): Örnek cinsler arasında Staphylococcus, Streptococcus, Micrococcus, Peptococcus, Peptoslreptococcus, Neisseria, Sarcinia ve Gafkya yer alır.
- Çubuk / Çomak şekilli bakteriler (Basiller): Örnek cinsler arasında Bacillus, Clostridium, Corynebacterium, Listeria, Branhamella, Mycobacterium, Actinomyces, Actinobacillus, Lactobacillus, Fusobacterium, Flavobacterium, Bacteroides, Porphyromonas, Providencia, Veillonella, Propionibacterium, Pseudomonas, Pasteurella, Shigella, Kingella, Francisella, Brucella, Yersinia, Legionella, Haemophilus, Mycoplasma, Ureoplasma, Vibrio, Acinetobacter, Campylobacter, Salmonella, Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella ve Proteus bulunmaktadır.
- Spiral şekilli bakteriler (Spiral bakteri): Kendi eksenleri etrafında helezonik kıvrımlar bulunan, mikroskopta burgu veya yay şeklinde görülen bakterilerdir.
Ayrıca aynı hücreden çoğaldığı ve kardeş bakteri hücreleri bir tür olarak isimlendirilir (Örneğin Streptococcus mutans).