Şeker Portakalı romanının özeti şu şekildedir:
Roman kahramanı Zeze, yoksul bir ailenin küçük çocuğudur. Ailesinin geçim sıkıntısı ve yaşadığı sorunlar nedeniyle aile fertleri Zeze’yi anlayabilmekten uzaktır. Zeze'nin yaptığı yaramazlıklar yaşadığı yalnızlık duygusundan kaynaklanır; ancak çevresindekilerin söylemleri yüzünden kendisinin kötü bir çocuk olduğuna inanır. Sevgi açığını kapatmak için bir yarasa ve hiç kimsenin beğenmediği bir şeker portakalı fidanı gibi hayali arkadaşlar yaratır, onlara isim takıp onlarla konuşur.
Zeze ile ilgilenenler arasında Edmundo Dayı ve öğretmeni yer alır. Öğretmeni Zeze’nin mükemmel bir çocuk olduğu görüşündedir. Bir sokak şarkıcışıyla sokak sokak dolaşıp şarkı söyleyen Zeze, anlamını bilmediği açık saçık şarkılardan birini babasını mutlu etmek için söyleyince hayatının en kötü dayağını yer.
Zeze, en büyük dostu ve yaşamda en çok sevdiği insan haline gelecek olan Portekizli Manuel Valadares ile hareket halindeki arabalara yapışıp oynadığı tehlikeli bir oyun sırasında tanışır. Babasından yediği dayağın ardından intihar etmeyi düşünse de Portekizli’nin desteğiyle vazgeçer ve kendisini evlat edinmesini ister. Ancak Portekizli'nin talihsiz bir trafik kazası sonucu ölmesi Zeze’yi yaşamdan koparır ve büyük bir acı yaşatır. Yaşadığı bu süreç ve hastalık dönemi Zeze’yi olgunlaştırır.