Sınıflandırmaları [değiştir]
Mikroskobik bir mantarın hifleri ve sporları
Sınıflandırmada bitkiler alemi içinde ele alınmaları bilim adamları arasında uzun yıllar tartışma konusu olmuştur. Her ne kadar Uluslararası Botanik Nomenklatür Kodunun kurallarına göre adlandırılıp sınıflandırılsa da, bitkilerden farklı bir alem olarak ele alınmışlardır. İlk taksonomik gruplandırılma eşeysel sporlarına göre yapılmıştır. Günümüze kadar mantarlar, gamet, gametangia, sporokarp ve sporlarının özelliklerine, hayat döngülerindeki sitolojik ve morfolojik özelliklerine göre sınıflandırılmıştır.
Mantarlara ait ilk sınıflandırma Linnaeus tarafından yapılmıştır. "Species Plantarum" adlı kitabında mantarları Cryptogamia Fungi sınıfında toplamıştır. İlk modern mikolog ve mikolojinin kurucusu olan Antonio Micheli, mantarları 1719'da yayımladığı "Nova Genera Plantarum" adlı eserinden toplamıştır[13]. Carl Woese (1981), sınıflandırmasını filogenetik kurallara göre yapılmıştır.[3] Monofiletik grup olarak düşünülmüş olan mantarlar, artık üç farklı grup olarak düşünülmektedir. Bu sınıflandırma fungi olarak bilinen organizmaların birbirleriyle sıkı bir ilişki içinde olmadıklarını kabul eder. Buna gore mantarlar,[3];
Alem : Fungi
Bölüm : Chytridiomycota
Bölüm : Zygomycota
Bölüm : Ascomycota
Bölüm : Basidiomycota
Alem : Stramenopila
Bölüm : Oomycota
Bölüm : Hypochytiridiomycota
Bölüm : Labyrinthulomycota
Alem : Protista
Bölüm : Plasmodiophora
Bölüm : Dictyosteliomycota
Bölüm : Acrasiomycota
Bölüm : Myxomycota