Bir atomun cinsini proton sayısı belirler çünkü proton sayısı elementin kimliğini gösterir. Ancak atomlar bir araya gelip kimyasal bağlar oluşturduğunda, elektron düzenleri değişir. Elektronların paylaşılması, verilmesi veya alınması sonucu yeni maddeler oluşur ve bu maddelerin özellikleri, tek başına atomların özelliklerinden farklı olur. Yani, kimyasal bağlar atomların elektronlarını etkileyerek yeni yapılar oluşturur ve bu da maddelerin özelliklerini değiştirir.