Elementler: Aynı cins atomlardan oluşan, fiziksel ya da kimyasal yollarla kendinden daha basit ve farklı maddelere ayrılamayan saf maddelerdir. Elementleri oluşturan atomlar aynı cins atomlardır ve bir elementi oluşturan bütün atomların büyüklükleri (şekilleri ve aralarındaki uzaklık) aynıdır.
Bileşikler: İki ya da daha fazla çeşit element atomunun bir araya gelerek oluşturdukları yeni saf maddelerdir. Farklı atom içeren moleküller bir araya gelerek görünecek boyuta ulaştıklarında bileşikler oluşur. Bileşikler, kendilerini oluşturan elementlerden farklı özelliklere sahiptirler ve bileşiği oluşturan atomlar kendi özelliklerini kaybederler. Bileşiklerin çoğu moleküllerden oluşmuştur ve bileşiği oluşturan moleküllerin hepsi aynı sayıda ve aynı cinste atom içerir. Bileşikler atomik yapıda değildirler.