Marmara Bölgesi göl bakımından oldukça zengin bir bölgedir. Bölge'de birçok doğal ve yapay göl bulunmaktadır. Çatalca-Kocaeli bölümünde Büyükçekmece Gölü, Küçükçekmece Gölü ve Durusu Gölü yer alır. Güney Marmara bölümünde ise İznik Gölü, Sapanca Gölü, Uluabat Gölü ve Manyas Gölü bulunur. Bu göller genellikle tatlı su gölleri olup, açık hava koşullarına sahiptirler.
Ayrıca, Güney Marmara bölgesinde Biga Yarımadası üzerinde sulama amacıyla kullanılan birçok baraj gölü ve gölet de mevcuttur.
- Büyükçekmece Gölü
- Küçükçekmece Gölü
- Durusu Gölü
- Sapanca Gölü
- Manyas Kuş Gölü
- İznik Gölü
- Uluabat Gölü