Doğu Anadolu Bölgesi'nin başlıca doğal gölleri Van, Çıldır, Hazar, Erçek, Nazik, Haçlı ve Balık gölleridir. Bölgenin önemli akarsuları ise Fırat sisteminin kolları olan Karasu ve Murat, kuzeydoğuda Aras ve Kura, güneydoğu kesimlerinde Dicle'yi besleyen akarsular ile Büyük Zap'tır.