Mikroskobik canlılar, genel olarak hücre yapılarına göre sınıflandırılır. İki ana grup vardır:
- Prokaryotlar: Çekirdeği olmayan, genetik materyali sitoplazmada bulunan canlılardır. Örneğin bakteriler bu gruba girer.
- Eukaryotlar: Çekirdeğe ve zarla çevrilmiş organellere sahip canlılardır. Tek hücreli olan bazı protistler ve mantarlar bu gruba dahildir.
Ayrıca mikroskobik canlılar; bakteriler, arkeler, protistler (örneğin bazı alg ve protozoalar) ve mantarlar gibi gruplar halinde incelenir.