Hücrenin tarihi ve keşfi süreciyle ilgili öne çıkan önemli aşamalar şunlardır:
- İlk Canlı Hücreler: Dünya üzerinde yaklaşık 3,4-3,5 milyar yıl önce moleküllerin kendi kendilerine bir araya gelmesiyle ilk canlı hücrelerin ortaya çıktığı tahmin edilmektedir.
- Mikroskobun Keşfi ve Robert Hooke: Hücrenin keşfi için ilk adım mikroskobun keşfidir. 1600'lerin ortalarında el yapımı mikroskoplarıyla hücrelerin dünyasını araştırmada öncülük eden İngiliz mikroskopçu Robert Hooke, hücreyi ilk keşfeden kişi olarak kabul edilir. Hooke, şişe mantarından kestiği ince parçayı mikroskop altında incelemiş ve gördüğü gözenekli yapıyı manastırlarda rahiplerin kaldığı hücrelere benzediği için “hücre” olarak adlandırmıştır. Aslında bu çalışmada gördüğü, ölmüş bitki dokusundan geriye kalan hücre duvarlarıydı.
- Anton van Leeuwenhoek: Lensler bileyip mikroskoplar üreten Leeuwenhoek, havuz suyunu mikroskop altında inceleyen ilk kişiydi ve orada hareket eden minik canlıları gözlemlemiştir.
- Hücre Teorisi: 1838'de botanikçi Matthias Schleiden bitkilerin hücrelerden oluştuğu sonucuna varmıştır. 1839'da zoolog Theodor Schwann, hayvan ve bitki hücrelerinin temelde aynı yapıda olduklarını belirterek hücre teorisini "Bütün organizmalar bir ya da daha fazla hücreden oluşmuştur" şeklinde dile getirmiştir. 1855'te Alman patolog Rudolf Virchow, hücrelerin yalnızca kendilerinden önceki hücrelerin bölünmesiyle oluştuğu prensibini ortaya koymuştur.
- İlerleyen Keşifler: 1857'de Kolliker kas hücrelerinde mitokondriyi tanımlamıştır. 1881'de Cajal ve diğer dokubilimciler boyama teknikleri geliştirmiştir. 1898'de Golgi, Golgi aygıtını ilk defa görüp tanımlamıştır. 1931 yılında Knoll ve Ruska ilk transmisyon elektron mikroskobunu (TEM) yapmışlardır. Hücre ile ilgili keşifler mikroskobun teknik açıdan gelişmesiyle paralellik göstermiştir.