Masumiyet Müzesi romanı analizinde öncelikle anlatıcının Kemal karakteri olması ve olayların onun kendi hatıraları içinden aktarılmasının güvenilirlik üzerindeki etkisi ele alınabilir. İçerik açısından aşk, takıntı, sınıf farkı, toplumsal beklentiler, eşya biriktirme ve belleğin geçmişi yeniden kurması temel temalar olarak değerlendirilebilir.
Biçim özelliklerine bakıldığında ise romanda uzun bir zaman aralığı söz konusudur; geriye dönüşler sıkça kullanılır. Ayrıca eşyalara yapılan ayrıntılı betimlemeler ve roman bölümleriyle müzedeki vitrinler arasındaki ilişkiler dikkat çekicidir. Bu bağlamda nesnelerin sadece dekoratif unsurlar olmadığı, aynı zamanda kayıp zamanı ve kişisel hafızayı taşıyan anlatı araçları olduğu savunulabilir.