Doğu Anadolu Bölgesi'nin başlıca doğal gölleri arasında Van, Çıldır, Hazar, Erçek, Nazik, Haçlı ve Balık gölleri sayılabilir. Bölgenin önemli akarsuları Fırat sisteminin kolları olan Karasu ve Murat; kuzeydoğuda Aras ve Kura; güneydoğu kesimlerinde ise Dicle'yi besleyen akarsular ile Büyük Zap'tır. Akarsuların bir bölümü baraj göllerine dönüşen alanlardan geçer. Bölge sınırları coğrafi sınıflandırmaya göre ele alındığından, bazı akarsu kolları komşu bölgelerde de devam eder.