Bakterilerin yararları şu şekildedir:
- Fermante gıdaların hazırlanması: Çoğu zaman laktobasil türleri, maya ve küflerle beraber peynir, turşu, soya sosu, sirke, şarap ve yoğurt gibi gıdaların hazırlanmasında kullanılırlar.
- Atıkların işlenmesi ve değerlendirilmesi (bioremediation): Çeşitli organik bileşikleri parçalayabilme yetenekleri sayesinde petroldeki hidrokarbonların ve petrol saçılmalarının temizlenmesinde ile endüstriyel toksik atıkların işlenmesinde kullanılırlar.
- Kimya endüstrisi: Enantiyomerik olarak saf kimyasalların (ilaç ve tarımsal kimyasalların hammaddesi) üretilmesinde önemli rol oynarlar.
- Biyolojik haşare kontrolü: Haşare ilaçlarının yerine çevre dostu olarak kullanılırlar (Örn: Bacillus thuringiensis).
- Bilimsel araştırmalar ve biyoteknoloji: Hızlı büyüme ve kolay manipüle edilebilmeleri nedeniyle moleküler biyoloji, genetik ve biyokimyada araç olarak kullanılırlar. Biyoteknoloji kullanılarak tedavi amaçlı proteinlerin (insülin, büyüme faktörleri veya antikorlar gibi) daha verimli üretilmesi sağlanabilmektedir.